Instalasi Farmasi RSUD Kepulauan Seribu melakukan pengelolaan obat dari pengadaan, penyimpanan, peracikan dan penyediaan obat yang memenuhi standar Pharmacy, dengan menjamin mutu, akurasi, ketersediaan obat serta pengawasan tanggal kadaluarsa dilaksanakan secara ketat dan terintergrasi memberikan layanan yang cepat dan tepat. Untuk memenuhi kebutuhan Farmasi (obat dan alat kesehatan) pasien Rawat Inap dan Rawat Jalan, untuk memberikan pelayanan resep dokter 24 jam.

Instalasi Farmasi RSUD Kepulauan Seribu berada di lantai 2.