Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Kepulauan Seribu mulai dibangun pada tahun 2004 dan selesai pembangunannya pada tahun 2005. Rumah Sakit Kepulauan Seribu diresmikan oleh Gubernur Sutiyoso pada tahun 2005 dan beroperasional melayani masyarakat pada tahun 2006. Sebagai dasar hukum pendiriannya diterbitkan Peraturan Gubernur Nomor 114 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja RSUD Kepulauan Seribu.
Didirikannya Rumah Sakit Kepulauan Seribu dikarenakan adanya kebutuhan sebuah fasilitas kesehatan dengan sarana dan prasarana yang memadai sehingga dapat memberikan pelayanan kesehatan yang teRSBik untuk masyarakat pada khususnya dan wisatawan pada umumnya di wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu.
Pada Tahun 2009 terjadi perubahan Struktur Organisasi di Pemerintah Provinsi Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta, dimana adaanya perubahan tersebut juga berdampak terhadap status hukum Rumah Sakit Umum Kepulauan Seribu yang sebelumnya masuk dalam jajaran Suku Dinas Kesehatan Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu pada tahun 2010, beralih menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) dan dikukuhkan dengan Peraturan Gubernur Nomor 3 Tahun 2011 Tentang Organisasi dan Tata kerja RSU Kepulauan Seribu dengan dan dirubah dengan Peraturan Gubernur No. 320 Tahun 2014 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Umum Kepulauan Seribu. Selain itu untuk memenuhi ketentuan UU No. 44 Tahun 2009 Tentang Rumah Sakit, Pasal 7 ayat (3), bagi Rumah Sakit yang didirikannya oleh Pemerintah Daerah harus berbentuk Unit Pelaksana Teknis atau Lembaga Teknis Daerah dengan Pengelolaan Badan Layanan Umum Daerah, terbitlah Keputusan Gubernur Provinsi DKI Jakarta Nomor 1867 Tahun 2014 tentang Penetapan Rumah Sakit Umum Kepulauan Seribu sebagai Unit Pelaksana Teknis Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah Secara Penuh.
Pada tahun 2016 dengan lahirnya Pergub No.388 Tahun 2016 tentang pembentukan organisasi dan tatakerja RSUD Kelas D, RSUD Kepulauan Seribu mengajukan peningkatan type rumah sakit dari kelas D Pratama menjadi kelas D Utama yang ditetapkan dengan Keputusan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta No. 928 Tahun 2017. Oleh karena itu merubah teknis pembayaran/kerjasama dengan BPJS Kesehatan yang tadinya dengan sisitem Kapitasi berubah menjadi sitem inaCBG’S.
Dengan peningkatan tersebut RSUD Kepulauan Seribu melaukan rekruitment Dokter Spesialis Anak, Dokter Spesialis Penyakit Dalam, Dokter Spesialis Kandungan, dan Dokter Spesialis Hiperbarik pada tahun 2017, dan pada tahun 2018 akan menambah dokter spesialis Radiologi, Dokter Anestesi untuk kasus ibu hamil elektif operasi, mengoperasionalkan kapal ambulance evakuasi pasien rawat jalan.
