Ambulance merupakan kendaraan yang digunakan untuk merujuk pasien ke rumah sakit yang ada didaratan Jakarta untuk perawatan lebih lanjut. Ambulance ini juga untuk menjemput pasien rujukan dari setiap pulau.

RSUD Kepulauan Seribu memiliki 2 unit Kapal ambulance yang beroperasi sesuai kebutuhan. Kebutuhan penggunaan ambulance untuk rujukan, mengantar dan menjemput pasien.